一家做食用菌加工的企业，自产菌棒、自己种植、自己烘干包装，一年销售 2600 万。老板一直按”自产农产品免税”申报，所有收入都免了增值税。今年自查发现两个问题：外购的鲜菇转售部分不属于自产，不能免；烘干包装后的产品是否还算初加工，要看具体范围。免税用对了是真金白银，用错了是补税加信用影响。
先说结论
的三大块是文旅（避暑山庄及周边景区）、农业（食用菌、山杏等特色农产品加工）、绿色矿业。自查先跑通用十项，再按行业加查：文旅看多业态收入分开核算和季节曲线，农业加工看免税与应税的分开核算和收购凭证，矿业看资源税口径和转型投入凭证。两轮配合，覆盖率才够。
通用十项
- 收入完整性——公户流水、收款码、平台收入与申报逐月比对
- 私户收款——老板个人卡是否在收经营款
- 进项发票——供应商纳税状态是否正常，有无走逃失联企业发票
- 三流一致——合同、物流、资金、发票指向同一业务
- 工资社保——个税申报人数、社保人数、实际用工是否一致
- 股东往来——借款挂账是否清理
- 零申报——零申报期间有无开支记录
- 税负率——与同业和历史偏离有无解释
- 优惠条件——享受的优惠是否持续满足
- 档案——申报回执、完税凭证、合同归档
文旅：多业态收入分开核
文旅企业的收入通常混在一起：门票、索道观光车、住宿餐饮、文创商品、演艺演出。自查四个动作。
一，核收入分类。文化体育服务、旅游娱乐服务、住宿餐饮、交通运输的计税方式不同，混在一起按低税率报就是差异。未分别核算的，从高适用税率。
二，核免票和优惠票。政策性免票的口径要留依据（政策文件、执行记录），免票不等于不记录，人次数据是证明经营真实性的材料。
三，核季节波动。旺季收入集中、淡季长期低申报，本身合规；但与旺季发票流、平台数据比对不上，反而是重点疑点。
四，核平台与团客。线上平台分销的结算单、旅行社的团款结算，要与申报收入对应。预收的团款、年卡、会员储值，按履约进度结转，长期大额挂账是疑点。
农业加工：优惠要用对
食用菌、山杏等加工企业，自查重点是优惠政策的持续合规。
自产农产品销售免征增值税，但免税项目与加工项目的核算要分开，进项转出的口径要按规则处理。混算是最常见的差异来源。
关键边界：外购农产品再销售不等于自产；初加工与深加工的产品范围有目录对应，不在范围内的不能套用初加工口径。这两条判断错了，免税就是少缴。
农产品收购发票的自开管理：向农户收购的凭证要真实完整（出售人信息、数量、金额、过磅记录），虚开收购发票是这个行业的高压线。
所得税侧：农产品初加工项目有免税或减半口径，但项目所得要单独核算。主业与免税项目混同的企业，自查时把边界划清楚。
绿色矿业：两查
资源税申报口径：开采矿产品与相关加工产品的计税依据要分开，原矿与选矿产品的税目税率不同。
转型投入的凭证管理：矿山治理、生态修复的支出凭证要完整归档，既是合规要求，也是未来政策申请的基础。
矿产品销售的运费与大宗贸易凭证链，参照大宗行业管理：过磅单、运输单据、结算单与发票一致。
把核算边界写进制度
农业加工企业自查的最后一步是把边界写进内部文件：免税项目与应税项目分别核算；农产品收购凭证的管理流程；初加工与深加工的产品目录对应关系。
制度的另一个作用是应对人员流动——账在制度里，不在某个人脑子里。会计一换，口径就变，是这类企业最典型的问题。
旺季前后的两个细节
旺季前集中采购的用品存货，入账和盘点要有节奏，避免旺季一过账实两不清。
旺季结束跑一次收入专项：平台结算、发票、收款三方对平。这时候记忆清楚、凭证好找，是最佳窗口。
常见问题
文旅企业淡季没有收入怎么申报？
按实际经营情况如实申报。淡季零申报或低申报要与旺季数据形成合理曲线，能互相印证就没问题。
农产品收购发票不规范怎么办？
评估涉及的年度和金额，主动规范收购流程；历史问题按补正路径处理，以主管税务机关认定为准。
外购农产品再销售能免税吗？
一般不能。免税针对自产农产品销售，外购转售属于应税。混在一起申报的，要把外购部分拆出来。
自查多久跑一次？
季度简版加年度全版，旅游旺季结束后加跑一次收入专项。发现差异当月处理，别攒到年底。
初加工和深加工怎么区分？
按主管部门的初加工范围目录对应。不在目录内的属于深加工，不能套用初加工的所得税优惠口径。
行动清单
- 先跑通用十项，找出收入、票据、往来、社保四块差异。
- 文旅企业按业态分设收入明细，核对平台和团客结算。
- 农业企业拆出自产与外购、初加工与深加工，分开核算。
- 建农产品收购台账，五要素齐全。
- 把核算边界写进制度，旺季前后各跑一次专项。
办理前核对
办理前，请核对企业的实际业务、现有资料和当前办理进度。上面写的是通用口径，落到自己企业，要按实际账目和凭证逐项核对，不能照搬结论。
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